PRIMERA PARTE
Juan Salvador era una Gaviota fuera de lo común a la que lo único que le preocupaba era volar y ser libre, aprender nuevas maneras de acrobacias. Su bandada no lo entendía ni siquiera sus papas a los cuales en vez de darles gusto les avergonzaban los logros de Juan, él era la primera gaviota en hacer acrobacias aéreas. Un día se elevo tan alto que al caer en picada perdió el control y se estrelló con el agua; cuando recobró el sentido se prometió ser como las demás gaviotas pero en ese mismo instante rompió su promesa ya que Eolo a setecientos metros de altura en la noche cosa que ninguna gaviota había echo ya que las gaviotas no vuelan de noche. Al llegar a la Bandada había una Sesión de Consejo el la cual lo llamaron para que se pusiera en el centro lo cual solo significaba dos cosas: o gran honor o exilio; desterraron a Juan. El se fue a los Lejanos Acantilados, pero no le importo estar solo siguió aprendiendo. Un día mientras volaba dos radiantes gaviotas se acercaron volando una de ellas le dijo que volara ya que tenía que pasar a una nueva etapa y las tres gaviotas volaron hasta desaparecer en el cielo.

SEGUNDA PARTE
Poco a poco se fue familiarizando con las otras gaviotas hasta que un día se despidieron de él y desaparecieron en el cielo, Juan empezó a sentirse cansado y se le olvidó de donde venía aterrizó en la playa y vio que las gaviotas que estaban ahí eran perfectas, pero no le dio importancia así que siguió aprendiendo con su instructor Rafael un día le preguntó de donde venía, él le contestó que solo le podía decir que tenía que cruzar cien vidas para lograr aprender el sentido de la vida. Un día se acercó a la Gaviota Mayor Chiang para preguntarle si ese era el verdadero cielo a lo que el contesto que el cielo es perfecto, desapareció y apareció veinte metros de donde estaba Juan, quedo tan maravillado que ya no pregunto más. Juan intentó hasta que logró hacer lo mismo pero quería regresar por que sentía que alguien en la tierra lo necesitaba. Rafael lo dejo que se fuera, al ir bajando Juan escuchó una voz entonces le preguntó ¿Pedro quieres aprender a volar? A lo que le contestó afirmativamente.

TERCERA PARTE
Juan le enseño todo lo que sabía a Pedro le enseño que todas las gaviotas son libres, que tiene que alcanzar sus metas y que no acepte las limitaciones de los demás ya que Pedro también era un exiliado, poco a poco más gaviotas se fueron acercando a Juan para aprender hasta que tuvo seis aprendices todos exiliados. Un día les dijo a sus alumnos que era tiempo de regresar a la Bandada y volvieron al llegar volando tan impresionantemente que todos quedaron admirados, así que la gran gaviota les prohibió hablarles o tocarlos o mirarlos ya que también serían exiliados después de un mes de haber vuelto Terrence Lowell Gaviota se acercó a ellos queriendo volar pero su ala no servía así que no podía volar, pero Juan le dijo que creyera y voló desde ese día Terrence se volvió exiliado y así poco apoco más y más gaviotas se fueron acercando a Juan y a sus alumnos hasta que toda la bandada estuvo aprendiendo a volar libres. Una mañana Pedro le decía a Juan que no podría aprender más; entonces Juan le dijo que recordaba a aquel Pedro exiliado y solo y que ahora ya era todo un maestro que guiaba a toda una Bandada. Pedro se sorprendió mucho cuando dijo eso Juan emprendió el vuelo y desapareció en el cielo. Entonces llego un nuevo grupo de novatos Pedro Gaviota les vio de pronto tal y como eran realmente y amó aquello que vio, su carrera hacia el aprendizaje había empezado.
La novela cuenta la historia de Juan Salvador Gaviota, una gaviota que está aburrida de que su vida se limite a las disputas diarias por el alimento de sus compañeras gaviotas y tiene una ferviente pasión por volar. Él se presiona a sí mismo, aprendiendo todo lo que puede acerca del vuelo, evitando competir, hasta que su actitud da como resultado su expulsión de la bandada. En soledad, él vive practicando, aprendiendo; es cada vez más exigente con sus habilidades mientras lleva una vida feliz.
Un día, Juan se encuentra con dos gaviotas que lo llevan a un «plano más elevado de existencia», donde conoce a otras gaviotas a las que les gusta volar tanto como a él. Descubre que su creciente tenacidad y deseo de aprender lo convierten en «una gaviota entre un millón». Juan se hace amigo de la gaviota más sabia del lugar, llamada Chiang, quien lo lleva más allá de su aprendizaje anterior, enseñándole como moverse instantáneamente a cualquier lugar en el universo. El secreto, dice Chiang, es «comenzar sabiendo que ya has llegado».
No satisfecho con su nueva vida, Juan retorna a la tierra para encontrar a otros como él, para llevarles su aprendizaje y su amor por volar. Su misión es exitosa, reúne a su alrededor a otros a quienes habían expulsado de sus bandadas por no ser conformistas y buscar como él un mayor sentido a su habilidad para volar.