En España existía una gran desigualdad social que es criticada por Baroja en sus obras.  Además de esa desigualdad, existía mucha inestabilidad social. La época histórica coincide con el periodo de Restauración de la monarquía en España tras la primera República de 1868. Se restaura la monarquía borbónica en el rey Alfonso XII, hijo de Isabel II y el poder político queda en manos de dos partidos, liberal y conservador, que se van alternando.El Siglo XIX español había significado una continua lucha por modernizar el país y dotarlo de unas estructuras sociales y políticas adecuadas, pero no lo consiguieron. Así, a finales del Siglo XIX la situación de España era deprimente: España era un país atrasado que había perdido la oportunidad de poder progresar y que se encontraba muy lejos del nivel de industrialización Europeo. Además, el sistema político de alternancia de partidos no funcionaba (había fraude electoral y el pueblo no tenía ni voz ni voto); la tasa de analfabetismo era muy superior a la de otras naciones europeas; y la burguésía no mostraba interés ninguno por nada, solo se preocupaban por ellos mismos, mientras que los núcleos rurales estaban gobernados por terratenientes, auténticos caciques dueños de las tierras y de sus gentes. Intelectuales como Joaquín Costa y Ángel Ganivet plantearon la necesidad de regenerar el país identificando sus problemas y proponiendo remedios eficaces para superarlos. La palabra “Regeneración” se convirtió así en una palabra clave en la época. La primera quiebra importante del sistema de la Restauración se produjo en 1898, a raíz de que España perdíó sus últimas colonias en las Indias: Cuba y Filipinas. Pero este hecho no hace más que alentar la concepción pesimista del país.

Tradicionalmente, estos autores de finales del XIX y principios del XX, a pesar de pertenecer a la misma generación histórica, se han solido adscribir a dos movimientos distintos: Modernismo y generación del 98. Posteriormente a la aparición del término “modernista” y “Modernismo”, hace  su aparición el concepto de generación del 98. Fue Azorín quien acuñó el marchamo de “generación del 98” en una serie de artículos publicados en el ABC en Noviembre de 1913 para referirse a un grupo de escritores que, sensibilizados ante el “espectáculo del desastre” y atentos a la “evolución del pensamiento literario fuera de España”, habían iniciado por esas fechas un movimiento de protesta social y de “renovación de las letras”. Y dentro de este término de “generación del 98” incluye a autores tan variados como Unamuno, Baroja, Maeztu, Valle-Inclán, Benavente, Rubén Darío y él mismo. Protestaban a favor de la renovación estética y por la preocupación por el porvenir de España.

En general, los defensores de esta tesis ven en los noventayochistas suficientes rasgos que los separan de los modernistas: desde el punto de vista temático, los modernistas se preocupan por la estética, caracterizada por un intento de encontrar la belleza absoluta al margen de cualquier preocupación social y en cambio los noventayochistas se preocupaban más por la ética, estos eran quienes elevaron sus voces para sacar al país de la decadencia en la que se encontraba sumido. Entre estos últimos están los autores que tradicionalmente se han incluído en la generación del 98: Unamuno, Azorín, Maeztu y Baroja.

Éstos presentan una serie de rasgos comunes entre los cuales destacaremos los siguientes:

Inquietud por la situación del país y deseo de regeneración política. En este sentido, se podrían considerar herederos directos del Regeneracionismo. También se detecta en sus obras la influencia de los filósofos irracionalistas Schopenhauer y Kierkegaard, de los que toman el tema de la angustia vital, las preocupaciones existenciales (interrogantes sobre el sentido de la vida, el destino del hombre…) y el pesimismo. De Nietzsche proviene la actitud religiosa ante el cristianismo o la valoración de la vida y la voluntad  frente a la razón. Por otro lado, aunque cada escritor se esforzara por encontrar un estilo propio, personal y diferenciador, todos coincidieron en un rechazo al barroquismo y en la búsqueda de la precisión y la claridad. Respecto al estilo literario, se podría decir que utilizan un lenguaje sencillo y expresivo, rompiendo con la retórica recargada de la época. Utilizan un vocabulario apropiado, es decir, abundan palabras cultas, extranjeras y populares. Predominan la oración simple, concisa y breve para evitar párrafos largos y la subordinación. La literatura que escriben es subjetiva en consonancia con el sentimiento del autor, y los personajes tienen carácter pesimista.   

El árbol de la ciencia (1911) es una novela muy representativa de la obra de Pío Baroja.
El propio escritor la consideraba su mejor novela. Hay que situarla en su primera etapa (de 1900 a la Primera Guerra Mundial), caracterizada por la elección de protagonistas que son, en gran parte, trasunto biográfico del autor, y destacan por su inadaptación y su enfrentamiento con el mundo.

Hagamos un repaso rápido de los aspectos en que podemos relacionar El árbol de la ciencia con Baroja. Para empezar, las peripecias del protagonista tienen mucho que ver con la vida del autor. Él también estudió Medicina, residíó temporalmente en Valencia con su familia, ejercíó como médico rural (aunque en Cestona, y no en un Seminario de Lengua
Castellana del Instituto F. J. De Zumárraga de Durango – 6 – pueblo manchego)… De hecho hay fragmentos de esta novela que encontramos de nuevo en las memorias de Baroja, con el único cambio del uso de la 1ª persona. Además, Andrés Hurtado es un auténtico alter ego del escritor, cuya personalidad era muy similar a la de su personaje: hipersensible, pesimista, individualista, tímido pero rebelde ante lo que cree falso e inauténtico… El árbol de la ciencia es, por otro lado, una novela de ideas que refleja muy bien el pensamiento de Baroja, particularmente en lo que respecta a la influencia de Schopenhauer, sobre todo su concepción de la vida como algo doloroso y cruel en que la conciencia intelectual intensifica el sufrimiento. Otros aspectos del pensamiento de Baroja presentes en la novela son su desconfianza del ser humano, sus ideas regeneracionistas, su anticlericalismo, su concepción del amor como una “mentira vital”, el darwinismo social, su idea de que las carácterísticas raciales son determinantes para los rasgos de identidad de pueblos y naciones…

Se trata también de una novela carácterística del estilo antirretórico de Baroja. En efecto, el objetivo declarado del escritor de entretener al lector se aprecia en el uso de capítulos cortos, párrafos y oraciones breves, de descripciones impresionistas y no demasiado prolijas, de abundantes diálogos y de un tono conversacional. Otro rasgo típico del estilo de Baroja presente en esta novela es la concentración de la trama en un único personaje protagonista. El narrador, omnisciente pero con el punto de vista parcial del protagonista, le sigue en su recorrido, que es aprovechado para introducir una variada muestra de ambientes y presentar numerosos personajes secundarios. El único aspecto de la novela que quizá no sea muy carácterístico del estilo del autor es el carácter evidentemente planificado de su estructura, más de lo habitual en Baroja, partidario de una novela abierta y espontánea. Aun así, lo estudiado de su organización no impide la inclusión de anécdotas laterales y elementos heterogéneos, en línea con la afirmación de Baroja de que “la novela es un saco donde cabe todo”.